Answer
消費税は、売上に伴い取引先より預る消費税（販売先が消費税額を負担）と、仕入や経費の支払に伴い負担した消費税額の差額を納付するのが原則となります。
ところが、輸出を行う会社の場合、海外の販売先に消費税は負担させられませんが、仕入や経費にかかる消費税は控除対象となるため、消費税が還付になる場合が多いのが実情です。
結果、1期目より消費税の納税義務者となっていた方が有利な可能性が高いと思われます。

(参考)
1期目より消費税の納税義務者となるためには、期末の資本金が1,000万円以上であるか、資本金が1,000万円未満の会社の場合、「消費税の課税事業者選択届出書」を第1期の事業年度終了日までに提出しなければなりません。また、取引量（仕入等）が多く還付見込みの金額が多くなるようでしたら合わせて課税期間の短縮も選択されると還付の受け取りが早くなり資金繰りの足しになるかもしれません。