Answer
株を保有していた会社が倒産した場合、法人であれば損失に計上することが可能です。
ところが、個人の場合には損失を考慮する条文が見当たりません。

売却をしたのであれば、株式の譲渡所得と考えられるため、他の株式の譲渡益との間で損益を通算することが可能となりますが、保有した状態で倒産をした場合には、譲渡を行っていないため譲渡損を計上することが出来ません。
一昔前に、いくつかの証券会社で会社が法的整理を申請した際に、1円で買い取ってくれる制度（実際には手数料の方が高いので証券会社は損をしません)が出来たのは、このような背景があってのことです。

株式の譲渡益があるような場合には、法的整理が掛かっても諦めずに売却をする手立てを考えるのが肝要です。