Answer
PCで源泉徴収税額を計算した場合、源泉徴収税額が源泉徴収税額表の金額とは別の金額となることがあります。これはPCで計算をする場合には源泉徴収税率表なるものが存在することが原因です。従って端数程度の誤差であればあまり気にしなくても良いと考えます。

また、年末調整があっているか否かはこの問題とは全く別の問題ですので、源泉徴収票を貰ったときに内容が正しく記載されているかを個別でご確認ください。