Answer
投資事業組合の決算書が税抜経理方式である一方、会社の消費税の経理方式が税込み経理方式である場合、決算書を税込経理方式で取り込むことが望ましい処理と考えられます。消費税税込の決算書類を作成してもらえるか、作成が難しい場合には、どこに消費税がかかっているかを開示してもらうことで経理処理が可能であると考えます。

法基通1-3-1 共同事業に係る消費税の納税義務
共同事業（人格のない社団等又は匿名組合が行う事業を除く。以下1－3－1及び9－1－28において同じ。）に属する資産の譲渡等又は課税仕入れ等については、当該共同事業の構成員が、当該共同事業の持分の割合又は利益の分配割合に対応する部分につき、それぞれ資産の譲渡等又は課税仕入れ等を行ったことになるのであるから留意する。