Answer
①役員報酬が損金不算入となるケースは、以下に該当するケースです。
（１）主宰役員の株主保有割合90％以上
（２）利益+主宰役員の給与合計が年間3,000万円以上
（３）利益+主宰役員の給与合計が年間800万円以上3,000万円未満の場合で、利益より給与が多い場合
御社の場合には、（３）又は（２）に該当してしまいます。該当すれば、役員給与のうち、給与所得控除額相当額が損金不算入になります。

②給料から控除する給与所得控除額は、概算経費として所得税の計算上経費として取り扱われています。これを法人税では損金として認めないという改正ですので、二重課税ではありません。ただ、今までは両方から引けていたので法人成りが有利であったものが、メリットが無くなった格好です。