Answer
生命保険金を借金の返済にまわす場合、通常であれば税金が掛かります。
ただ、質問の趣旨を勘案するに、以下のような状況であることが想定されます。
１．過去に欠損が生じており、債務超過であった。
２．上記1の欠損は古いものであり、欠損金の繰越控除の対象となるものでは無い。
３．生命保険金がおりることにより、債務超過を解消する。
４．生命保険金を受け取っても、退職金と借金を返済したら生命保険金は無くなる。

解決策として、以下の２つが考えられます。
１．会社の清算を行うこと
２．払えないものは払えないと開きなおること

１．会社の清算を行うこと
会社の清算手続きでは、清算に伴って株主へ出資額を超える分配金（清算配当金)が発生する場合には、清算所得が発生し納税が生じますが、それ以外は課税が行われません。
清算手続を開始することで、課税を回避することが可能です。
但し、会社の清算手続きは登記が必要ですので、登記手続及び税務申告に費用（両方を足して100万円では収まるものと考えます）が掛かります。

２．払えないものは払えないと開きなおること
税金は法人の借金であり、連帯債務ではありません。払えないものは払えないと開き直ることが可能です。
(参考)
国税徴収法では、第二次納税義務者という規定があり、連帯債務を負わせる対象者を規定しています。今回の事例ではこの適用を受けないものと考えています。