Answer
源泉徴収税額は、乙欄源泉の場合には徴収税額が高くなりますので、先ずは事業主を疑う前にそこを確認してください。
乙欄の源泉徴収票の場合、源泉徴収票の左下の乙部分に＊がつきます。また、手書きの場合などで＊がついていない場合であっても年末調整がなされていないものは、乙欄で源泉されている場合があります。

また、源泉徴収税額が多いとの申し出ですので、本人としては、所得税の確定申告を行うことにより税額が適正なものとなります。

不正の関係ですが、万一、事業主が不正を行って、本来徴収した税額の一部しか税務署に支払っていない場合には、本人が確定申告をすることによってそれが明るみに出る可能性はあります。この場合、責めに問われるのは事業主であり、確定申告をした本人は問題ありませんのでご安心ください。